Balli Kombëtar (BK) ishte organizuar në komitete rajonale që vareshin nga Komiteti Qendror dhe që kontaktonin me të përmes Sekretarit të Përgjithshëm, anëtar i Komitetit. Grupet guerile vareshin nga komitetet rajonale që kujdeseshin dhe i furnizonin ato. Më 4 gusht 1943, Komiteti Qendror mbajti një mbledhje në Mukje, së bashku me shumë përfaqësues të komiteteve rajonale dhe grupeve, dhe caktuan një Komandë të Përgjithshme Ushtarake nën Hysni Lepenicën. Aty u emëruan edhe komandantët e prefekturave të ndryshme. Një pjesë e Komitetit Qendror shkuan në Mat, Dibër, Lumë, dhe Lurë për qëllime propagande dhe për të bashkërenduar forcat, kurse disa prej anëtarëve të tij u drejtuan për në jug, ku ishte ndezur lufta kundër pushtuesit.

Komitetet rajonale ndaheshin në seksione: shtypi dhe propaganda, financat, informacioni dhe seksioni ushtarak (njësitë[1]). Komiteti Qendror i zgjedhur nga Kongresi i Beratit hartoi një rregullore të plotë si rezultat i pesë viteve të përvojës së organizatës. Brenda Komitetit Qendror u caktua një Komandant i Përgjithshëm të cilit iu bashkëngjit një shtab i përbërë nga oficerë dhe komandantë të njësive ushtarake[1]. Kujdes i veçantë iu kushtua organizimit të rinisë sonë dhe pajisjes së saj me armatim.

Organizata kishte komitete rajonale (prefekturat), nën-komitetet (nënprefekturat), këshillat (komunat), komandat ushtarake si dhe Komandat e rinisë në të gjithë Shqipërinë:

Tiranë
Durrës
Kavajë
Lushnjë
Fier
Vlorë
Gjirokastër
Delvinë
Tepelenë
Këlcyrë
Berat
Përmet
Kolonjë
Korçë
Elbasan
Peqin
Strugë
Tetovë
Dibër
Shkodër
Prizren
Pejë
Gjakovë
Gjilan
Ferizaj
Prishtinë
Mitrovicë
Vushtrri
Preshevë
Shkup

Burimi: “Rreth aktivitetit të Ballit Kombëtar kundër okupatorit”, botim i Ballit Kombëtar në Emigracion, Shkurt 1945

[1] në origjinal është përdorur termi “bandat ushtarake”, më vonë në periudhën e komunizmit termi mori një kuptim negativ